Oddělení zajišťuje provozně ekonomický chod ústavu. Ekonomické oddělení vede účetnictví ústavu, zajišťuje evidenci a finanční vedení vědeckých projektů a grantů, konzultuje finanční návrhy podávaných projektů a grantů, zabezpečuje infrastrukturu, správu movitého i nemovitého majetku, zabezpečuje kontakt se zřizovatelem Akademií věd ČR, finančními úřady, auditory atd.