Emilija Tudzarovska je odbornou asistentkou v oblasti moderní evropské politiky na Katedře evropských studií Institutu mezinárodních studií Univerzity Karlovy. Zároveň působí jako hostující odborná asistentka na Leidenské univerzitě v rámci programu Erasmus+. Je spolukoordinátorkou výzkumné sítě UACES Rethinking Europe’s East–West Divide, která sdružuje badatele zkoumající politické, institucionální a normativní dynamiky utvářející současnou Evropu.
Ve svém výzkumu se zaměřuje na moderní evropskou politiku, demokratickou legitimitu v Evropské unii a politické, ekonomické a společenské transformace západní a východní Evropy. V minulosti působila jako stipendistka programu Marie Skłodowska-Curie při Akademii věd České republiky, kde se ve svém projektu zabývala proměňujícími se základy demokratické legitimity Evropské unie. Nadále je externí výzkumnou pracovnicí Sociologického ústavu Akademie věd České republiky.
Před zahájením akademické kariéry zastávala Dr. Tudzarovska vedoucí výzkumné a politicko-analytické pozice v mezinárodních organizacích a diplomatických institucích. Působila jako vedoucí výzkumu v oblasti mezinárodních vztahů na University of New York in Prague (UNYP). V letech 2007–2017 vedla programy zaměřené na zahraniční politiku, správu věcí veřejných a bezpečnost na britském Ministerstvu zahraničí, Commonwealthu a rozvoje (Foreign, Commonwealth & Development Office, Velvyslanectví Spojeného království ve Skopji) a v nadaci Konrad-Adenauer-Stiftung, kde zároveň působila jako šéfredaktorka politicko-ekonomického časopisu Political Thought. Od roku 2017 je volenou expertní členkou sítě Global Initiative Network (GIN) se sídlem v Ženevě.
Její odborné práce byly publikovány v předních akademických časopisech, jako jsou Comparative European Politics a European Review of International Studies, a v knižních publikacích vydavatelství Routledge a Palgrave Macmillan. Její připravovaná spolueditovaná publikace Handbook of Comparative Politics of Central and Eastern Europe (Bloomsbury Publishing, 2026) nabízí komplexní analýzu politických a ekonomických transformací v regionu.
Dr. Tudzarovska také pravidelně přispívá odbornými komentáři do mezinárodních politických a mediálních platforem, včetně Social Europe, Politics and Rights Review a International Politics and Society, a byla citována v deníku Financial Times.